안철수 국민의당 후보는 교육부 폐지와 창업중소기업부 신설을 핵심 공약으로 내걸었다. 4차 산업혁명에 맞는 창의적 인재를 육성하는 데 현 교육부 체계로는 불가능하다는 판단에서다. 교육정책은 교원, 학부모, 관련단체 등이 참여하는 대통령 직속 국가교육위원회가 심의와 의결해 향후 10년 교육정책의 일관성을 유지한다는 계획이다.

창업중소기업부를 신설할 계획이다. 중소기업과 창업·벤처기업 지원의 일원화 체계를 갖춰 창업부터 재도전까지 체계적으로 지원할 계획이다. 여성가족부는 성평등인권부로 확대 개편한다.

청와대 국가안전보장회의(NSC)에는 북핵대응센터를, 합동참모본부에는 전략사령부를 창설해 안보 이슈 등에 빠르게 대응하겠다는 방침이다. 또 고용절벽 등 청년문제 해결을 위해 청와대 내 청년수석실도 신설한다. 세월호 참사 이후 사라진 소방방재청과 해양경찰청은 각각 국민안전처에서의 독립이 필요하다는 입장이다. 단 외교부과 국방부 등 외교 안보 부처는 변화무쌍한 대외적 상황 등을 고려해 현재의 모습을 유지할 필요가 있다고 판단했다. 기획재정부와 산업통상자원부, 금융위원회 등 경제 부처 등에 대해서도 종합적인 검토가 필요하다는 의견이지만 구체안을 밝히지 않았다.